O atual Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovações (MCTI) foi criado em 15 de março de 1985 durante a presidência de José Sarney, como parte do processo de redemocratização do Brasil após a Ditadura Militar. O MCTI incorporou o CNPq e tomou seu lugar como órgão máximo na hierarquia das políticas de pesquisa e desenvolvimento nacionais. Por um curto período, entre maio de 2016 e junho de 2020, o MCTI incorporou o Ministério das Comunicações e adotou a sigla MCTIC.

O MCTI tem sob sua alçada diversas entidades, com diferentes funções e graus de independência administrativa e financeira. Eles são as unidades de pesquisa, os órgãos colegiados, as entidades vinculadas, as empresas públicas e as organizações sociais. Todos dependem do orçamento concedido pela União ao MCTI.

As organizações sociais são órgãos de pesquisa que operam como empresas privadas sem fins lucrativos: contratam funcionários CLT e não precisam fazer compras por meio de licitações, por exemplo. Elas são: Centro de Gestão e Estudos Estratégicos; Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais; Instituto Nacional de Matemática Pura e Aplicada; Associação Brasileira de Pesquisa e Inovação Industrial; Instituto de Desenvolvimento Sustentável Mamirauá; Rede Nacional de Ensino e Pesquisa.

As unidades de pesquisa, por sua vez, são públicas: têm servidores comuns e precisam fazer licitações. Elas são: Centro Brasileiro de Pesquisas Físicas; Centro de Tecnologia da Informação Renato Archer; Centro de Tecnologia Mineral; Centro de Tecnologias Estratégicas do Nordeste; Centro Nacional de Monitoramento e Alertas de Desastres Naturais; Instituto Brasileiro de Informação em Ciência e Tecnologia; Instituto Nacional da Mata Atlântica; Instituto Nacional de Águas; Instituto Nacional de Pesquisa do Pantanal; Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia; Instituto Nacional de Pesquisas Espaciais; Instituto Nacional de Tecnologia; Instituto Nacional do Semiárido; Laboratório Nacional de Astrofísica; Laboratório Nacional de Computação Científica; Museu de Astronomia e Ciências Afins; Museu Paraense Emílio Goeldi; Observatório Nacional.

Os órgãos colegiados são conjuntos de especialistas que assessoram o governo federal e prestam consultoria em decisões que exigem expertise numa área específica. Por exemplo: a Comissão Técnica Nacional de Biossegurança (CTNBio) trabalha “no estabelecimento de normas técnicas de segurança e pareceres técnicos referentes à proteção da saúde humana, dos organismos vivos e do meio ambiente, para atividades que envolvam a construção, experimentação, cultivo, manipulação, transporte, comercialização, consumo, armazenamento, liberação e descarte de OGM e derivados”

Elas são: Comissão de Coordenação das Atividades de Meteorologia, Climatologia e Hidrologia; Comissão Técnica Nacional de Biossegurança; Conselho Nacional de Ciência e Tecnologia; Conselho Nacional de Controle de Experimentação Animal; Conselho Nacional de Informática e Automação.

Por fim, existem as entidades vinculadas. Algumas delas são autarquias, que são órgãos criados para administração pública indireta, ou seja: órgãos para os quais a União pode delegar a tomada de decisões em certos campos. As autarquias do MCTI são a Agência Espacial Brasileira, a Comissão Nacional de Energia Nuclear e o Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Outro tipo de entidade vinculada são empresas públicas. O MCTI tem duas sob sua alçada: o Centro Nacional de Tecnologia Eletrônica Avançada S.A e a Financiadora de Estudos e Projetos, que é a secretaria executiva do Fundo Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico.