As agências de fomento são instituições do governo cujo principal objetivo é fornecer capital para estimular o desenvolvimento econômico em determinada direção estratégica para a sociedade. No caso da ciência e tecnologia, as agências de fomento são representadas no âmbito estadual pelas Fundações de Amparo à Pesquisa (FAPs).

São as FAPs que viabilizam a descentralização dos investimentos em ciência e tecnologia no país — promovendo o desenvolvimento regional e diminuindo as desigualdades. É trabalho delas apoiar as universidades, as instituições de pesquisa e os pesquisadores, além de garantir a manutenção e expansão da infraestrutura científica de cada estado.

Hoje, 26 estados, com exceção de Roraima, possuem fundações estaduais ativas. Elas integram o Sistema Nacional de Ciência e Tecnologia e, desde 2006, se articulam nacionalmente através do Confap  (Conselho Nacional das Fundações Estaduais de Amparo à Pesquisa).

As FAPs surgiram no país a partir da experiência bem-sucedida da Fapesp — que começou a operar em 1962 em São Paulo — em promover pesquisas em ciência de base, tecnologia e inovação no estado.

Dois anos depois, em 1964, o Rio Grande do Sul criou a segunda FAP do país, a Fapergs. Em 1980, o Rio de Janeiro cria a terceira fundação, batizada de Faperj. Minas Gerais, em 1985, acompanhou a tendência com a criação da Fapemig. Mas foi só durante a década de 1990 que as FAPs se espalharam pelos demais estados brasileiros.

Apesar de terem se inspirado no modelo paulista, cada FAP tem um regimento e fontes de verbas próprias ligadas aos governos estaduais — normalmente, os estados estipulam um percentual de repasse da tributação, que varia entre 0,5% e 2% da receita líquida estadual, para a fundação.