O Ministério da Educação (MEC) foi criado em 14 de novembro de 1930 como Ministério dos Negócios da Educação e Saúde Pública. Esse foi um dos primeiros atos de Getúlio Vargas após tomar o poder na Revolução de 1930. Ele assinou o decreto apenas duas semanas após ocupar o Palácio do Catete no Rio de Janeiro, sede do governo federal na época.

Em 1953, durante seu mandato democrático, Vargas separou as duas pastas e criou os atuais Ministério da Saúde e Ministério da Educação e Cultura, nome de onde provém a sigla MEC usada até hoje (ainda que o MInistério da Cultura tenha ganhado existência própria em 1985, como parte do processo de redemocratização).

O decreto vigente hoje que descreve as atribuições do MEC é o 10.195, de 30 de dezembro de 2019 — mas a parte do documento que versa sobre as responsabilidades da pasta  permanece essencialmente inalterada desde 2003.
O texto diz que o órgão é responsável pela “política nacional de educação; pela educação infantil; pela educação em geral, compreendidos o ensino fundamental, o ensino médio, o ensino superior, a educação de jovens e adultos, a educação profissional, a educação especial e a educação a distância, exceto o ensino militar; pela avaliação, informação e pesquisa educacional; pela pesquisa e extensão universitária; pelo magistério e pela assistência financeira a famílias carentes para a escolarização de seus filhos ou dependentes”.

O MEC tem papel central nas políticas públicas de ciência e tecnologia brasileiras. Em primeiro lugar, porque é o responsável pelo orçamento das universidades federais — que empregam docentes pesquisadores, fornecem infraestrutura física e burocrática para pesquisa e desenvolvimento e formam futuros cientistas na graduação e na pós-graduação.

Em segundo lugar, porque tem sob sua alçada a Comissão de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (Capes), responsável por pagar bolsas para estudantes de iniciação científica, mestrado, doutorado etc. e por avaliar todos os programas de pós-graduação do País a cada quatro anos, o que inclui o poder de descredenciá-los.