Dos 26 estados brasileiros, 22 mantêm universidades públicas próprias com verba dos governos, sem auxílio federal direto. Na oitava e mais recente edição do Ranking Universitário Folha (RUF), publicada em 2019, as três universidades estaduais paulistas – USP, Unicamp e Unesp – ocuparam respectivamente o primeiro, o segundo e o sexto lugares. Dos 50 primeiros lugares do ranking, nove pertenciam às estaduais.

As universidades estaduais de diferentes unidades da federação não se unem sob um único órgão – como as fundações de amparo à pesquisa de cada estado, congregadas sob o guarda-chuva da Confap –, nem apresentam qualquer padrão em suas fontes de receita – como ocorre com as federais, que recebem todas um quinhão do orçamento do MEC.

As três estaduais paulistas, responsáveis por 36% da produção científica nacional (101 mil dos 280 mil artigos publicados no Brasil entre 2013 e 2018) são sustentadas por uma porcentagem fixa dos impostos coletados pelo governo de São Paulo: USP, Unicamp e Unesp ficam, respectivamente, com 5,02%, 2,19% e 2,34% do total arrecadado com o Imposto sobre Circulação de Mercadorias e Serviços (ICMS).

Esses repasses com porcentagens pré-fixadas são uma maneira de fazer o orçamento das universidades flutuar apenas em função da situação econômica no estado e no País, evitando que o legislativo ou executivo cortem verba da instituição como punição por falta de alinhamento estratégico ou ideológico (o que representaria uma violação do princípio da autonomia universitária).

No Paraná, por exemplo, as sete universidades estaduais (o maior número de qualquer estado brasileiro) têm sua verba determinada normalmente na Lei Orçamentária Anual (LOA) do estado, sem valores determinados de antemão, o que exige que as universidades negociem suas verbas anualmente.